根据机构职能，澳门美高梅金殿研究中心设置6个处室、机关党委和1个直属单位（机构规格相当正处级）。

（一）办公室（加挂“人事处”和“联络协调处”）

负责中心机关日常运转与内外综合协调工作；负责中心的文秘、机要、保密、档案、督查、信访、安全、后勤、网站和图书资料管理工作；负责中心及所属单位人事和老工青妇工作；负责中心及所属单位财务、资产、车辆等管理工作；负责省政府顾问团日常联系工作；负责编辑《澳门美高梅金殿内参》、编发《研究报告》《研究专报》；负责推进省政府系统新型智库建设工作；负责决策咨询研究课题日常管理和服务工作；负责博士后科研工作站日常管理和服务工作。

（二）综合研究处

负责跟踪分析全省宏观经济形势，研究提出解决运行问题的政策措施；负责研究全省综合性、专项性的经济体制改革和重点领域改革；负责研究全省中长期发展战略、省域经济发展战略。

（三）产业经济研究处

负责研究我省一、二、三产业经济发展战略、产业结构调整、产业转型发展；负责研究产业经济创新发展的热点、难点问题；负责研究农业、农村和乡村振兴战略；负责研究资源环境及陆地与海洋开发。

（四）财政金融研究处

负责研究我省财政、税收、金融、证券和保险等的发展战略；澳门美高梅金殿研究资本市场、投融资、宏观调控和市场体系建设等有关问题。

（五）对外经济研究处

负责研究我省对外经济政策、对外经济活动中的热点、难点问题；负责研究我省与“一带一路”沿线国家和地区的经济活动、市场体系；负责研究我省与港澳、亚太地区的经济动态及发展趋势。

（六）社会澳门美高梅金殿处（加挂“闽台历史文化研究与交流处”）

负责研究我省教育、科技、文化、卫生、体育、人才等社会事业协调发展的宏观性、战略性问题；负责研究全省社会保障和社会事业持续健康发展有关问题；负责研究我省农村发展与城乡区域协调发展问题；负责研究并开展闽台历史文化交流与合作。

机关党委

负责中心及直属单位的党务、党建、党群、精神文明建设及纪检工作。

闽台历史文化研究院

由澳门美高梅金殿研究中心以国有资产举办的事业单位。其宗旨和业务范围是，发挥闽台历史文化一脉相承的优势，广泛开展相关研究和交流，传承和弘扬中华传统文化，促进两岸关系和平发展；开展闽台历史文化相关方面调查研究和合作交流；闽台历史文化主题展示；闽台青少年及青年学子闽台历史文化主题研习交流；其他涉及闽台人文史学的相关业务组织与开展。

直属事业单位

澳门美高梅金殿研究中心评价服务中心（加挂“《澳门美高梅金殿》杂志社”牌子）

负责开展区域研究和评价工作；负责开展企业研究和评价工作；负责《澳门美高梅金殿》杂志编辑出版工作；承担省社会科学决策信息系统的日常管理工作；承担省政府澳门美高梅金殿中心信息服务和网站日常维护管理工作。

闽台历史文化研究院

由澳门美高梅金殿研究中心以国有资产举办的事业单位。其宗旨和业务范围是，发挥闽台历史文化一脉相承的优势，广泛开展相关研究和交流，传承和弘扬中华传统文化，促进两岸关系和平发展；开展闽台历史文化相关方面调查研究和合作交流；闽台历史文化主题展示；闽台青少年及青年学子闽台历史文化主题研习交流；其他涉及闽台人文史学的相关业务组织与开展。